L'eau pénétrant dans les réseaux souterrains n'étant pas filtrée, elle emporte avec elle toutes les pollutions de surface, rendant de ce fait le milieu karstique très vulnérable aux pollutions. L'eau des résurgences, même lorsqu'elle est limpide, est donc de mauvaise qualité et ne doit pas être consommée telle quelle. Lorsque les pertes se trouvent au milieux de vignes, l'eau est chargée en produits phytosanitaires ; parfois, ce sont des cadavres d'animaux tombés dans les dolines qui contaminent l'eau avec des bactéries pathogènes. Et il n'est pas rare que des dolines servent de véritables dépôts d'ordures : on peut trouver des cadavres d'animaux (moutons, chiens...), des appareils électroménagers, des cuvettes de WC, des carcasses de voitures, des pneus, des contenants de produits toxiques (huile moteur, produits vétérinaires, produits d'entretien...), du verre, des matières plastiques de toutes sortes, des métaux, etc.
En 2017, la commission Environnement du CRES a mis au point une base de données des pollutions des cavités karstiques de l'Entre-deux-Mers que vous trouverez ici. Elle a servi à identifier les sites karstiques les plus pollués dont la liste se trouve ci-dessous. Cette base de données devrait être révisée en 2023.
Grâce à l'intervention du SMER'E2M, une action sur la protection des cavités karstiques sera incluse dans tous les futurs documents d'objectifs Natura 2000 de Gironde.
